在实践中，我们经常会遇到这种问题，当事人在几年前未经批准盖了一栋房子，这么多年平安无事，却因为当地的拆迁政策突然被认定为违法建筑，这实在是让被拆迁人心难平气难顺。
其实，关于违法建筑的时效问题，争议也很大。《行政处罚法》第二十九条规定，违法行为为二年内未被发现的，不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续性或者继续状态的，从行为实行终了之日起计算。现在问题来了，违法建筑的时效起点到底是建设行为终了，还是随着违法建筑存在的状态无限推迟呢？当前司法实践中普遍认同后一个观点，认为违法建筑的存在是一种持续的状态，以此延续对违法建筑行为的追溯时效。
但是笔者认为，这种观点是对诉讼时效制度的否定。建立时效制度就是为了维护社会秩序的稳定，促进行政机关及时行使职权。如果认为违法建筑的存在是一种持续的状态，那么行政部门岂不是想什么时候行使职权就什么时候行使职权？既然违法建筑的存在是一种持续的状态，那么房屋被强拆后也是处于一种持续的状态，可是为什么对政府的强拆行为设置严格的诉讼时效呢？建立一系列制度、并利用这些制度去管理社会，这才是成本最低的社会管理方式。而行政机关自己带头突破这些制度，势必会导致社会的不稳定。
因此，从社会稳定的角度来考虑，违法建筑的违法行为发生在施工建设过程中，工程竣工投入使用，施工建设的违法行为即告终结。所以，只要相关行政机关未在施工建设行为终结后的两年内发现并查处该项违法行为，违法建筑就成为不得成为处罚的对象。
说到底，这其实是一种利益的权衡，到底是公共利益重要还是老百姓的合法权利重要，这也不是三言两语就能说清楚的。不过笔者认为，公共利益固然重要，但绝不能以牺牲被拆迁人的合法权利为代价。