在各地政府部门逐渐推广适用宅基地腾退方式来管理集体土地后，相关行政复议、诉讼案件的数量呈现攀升趋势，随着公民权利意识、法治意识、法制观念的增强，宅基地腾退纠纷的相关诉讼理由也呈现多样化趋势，包括地方政府或基层自治组织制定的宅基地腾退补偿安置指导意见违法，未签订腾退补偿安置协议的情况下宅基地房屋遭到强拆、房内贵重财产毁损，县区乡镇政府在宅基地腾退监管上的不作为、不履行查处违法腾退土地的法定职责，县区公安局对于宅基地房屋强拆事件不立案，腾退补偿中一户一宅、一户多宅的宅基地使用权的确认等。
宅基地腾退补偿安置相关案件数量的攀升，反映出现行宅基地腾退补偿安置监管制度的缺失和监管主体的缺位，宅 基地腾退工作的实施缺乏权威可行的法律监管制度，行政权力的膨胀与监管制度体系的完善程度不相匹配，要实现权力关进制度的笼子里的目标还需要经过一段漫长的法治道路。十八大以来，各地区政府积极贯彻依法治国方略，依法行政基本要求，让权力在阳关下运行，但部分地方政府在宅基地腾退过程中仍残留着一些隐藏在阴影下的违法行为，需要相关监管部门和司法机关及时纠正、惩处。
宅基地腾退主要包括准备、开展实施、验收三个阶段，不同阶段发挥主要作用的实施主体不同，宅基地腾退补偿方案制定阶段发挥主要作用的是区县政府、乡镇政府，村委会在此阶段主要负责协助完善补偿方案实施意见等。村委会与开发商在腾退开展阶段与验收阶段的违法行为主要表现为三方面，第一，村委会未取得房屋拆迁许可证或未经法院裁定的强制执行文书生效，便强制拆除了宅基地被腾退人的房屋；第二，村委会以腾退的名义征收土地，继而将土地出售给开发商，与开发商联合或由开发商单独成立项目公司进行商品房的开发，属于违反法定程序的“事后审批”行为。第三，开发商在宅基地整治过程中偷梁换柱，虽然宅基地退出的规划目标是绿化隔离带建设，但是开发商在宅基地整治、复垦项目中一直打着商品房建设项目的旗号。
面对宅基地腾退补偿安置过程中发生的各类纠纷，被腾退人有以下几种救济途径：
第一，依据各地方政府部门制发的房屋拆迁相关法律规范，向房屋拆迁管理主管部门地区举报违法拆迁的事实，提供相关违法材料，如北京市居民若发现实施拆迁的主体未获取房屋拆迁许可证，即可依据《北京市集体土地房屋拆迁管理办法》第二十五条规定：“违反本办法第七条规定，未取得房屋拆迁许可证擅自实施拆迁的，由市或者区、县国土房管局责令停止拆迁行为，处1万元以上3万元以下罚款”，向所在市、区、县国土房管局反映其违法事实。
第二，若遇到区县政府、房屋拆迁主管部门、公安局不作为时，及时保存好相关部门不作为的证明材料，如报案材料、立案申请的签收证明，并在法定期限内向法院提起有关部门不作为的行政诉讼。
第三，向房屋拆迁相关法律专业人士咨询谈判方案，由于诉讼耗时长、判决执行难，协商谈判往往是省时、节约成本的高效途径，谈判过程实际上是一场信息、利益的博弈，信息不对称情况下，弱势一方的利益往往会遭受较大损失，因此在谈判前掌握足够的信息，准备好充分的谈判资料，有助于最大程度争求到应得利益。