实践中，很多被征收房屋在被征收前已经设立了抵押，这种时候，不光要考虑被征收房屋所有人的利益，也要保护房屋抵押权人的权益。
对被征收房屋的补偿，直接影响了被征收人与房屋抵押权人二者的直接利益。涉及到房屋抵押时，补偿一般按以下程序进行：
首先，要对抵押的效力进行判定，还要及时地通知抵押权人。抵押的房屋如果被强拆，那么抵押标的物灭失，直接损害了抵押权人的利益。因此，房屋征收部门在查询有关被征收房屋的登记资料时，应该及时告知抵押权人房屋的征收及补偿情况。
其次，如果被征收人选择了产权调换的补偿方式，抵押权人应当与抵押人就调换的房屋重新签订房屋抵押合同，并及时办理抵押登记。如果被征收人选择了货币补偿的方式，那么必然会导致抵押标的物的灭失，那么此时，抵押权人可以行使代位求偿权，用征收补偿款提前清偿债务，或者采用提存的方式。此外，被征收人也可以与抵押权人协商以其他标的物重新设立抵押权，建立新的抵押关系。
在抵押房屋被征收时，房屋征收部门应该充分考虑抵押权人的利益，尽量给被征收人选择的机会，避免为了促进拆迁进度，而对被征收人和抵押权人二者的利益都造成损害。在这里要提醒您，如果在征地拆迁过程中遇到了复杂的法律问题，可以及时咨询律师，寻求更为高效的帮助。